Указывало, да еще как. Правда за 1-2 минуты минут до катастрофы. Пилоты до этого смотрели в ночь, а может быть между собой общались. Визуально видеть заблаговременно самолет, летящий пересекающимся курсом практически невозможно, скорости слишком большие. Добавьте к этомму ночное время. Ситуацию с самого начала просрали на земле. Диспетчер допустил опасное сближение бортов и дал команду на изменение высоты только после того, как сработала сигнализация на Ту. Уже одно это должно было насторожить КВСа и заставить его насторожиться. Ситуация нештатная, TCAS сработал ночью (низкий трафик), над Европой, где в принципе диспетчерская служба не должна доводить до такого.
Кроме того, сигнализация, одновременно с оповещением об опасности сообщает алгоритм действия двум бортам, в данном случае, для Ту она была "Climb!", т.е. подъем.
Однако диспетчер, проспавший ситуацию, говорит: снижайтесь.
Штурман, робко замечает, что прибор говорит "подъем", однако КВС или инспектор, присутствующий на этом борту посылают его нах и начинают снижение.
Диспетчер, опять дает росссийскому экипажу неверную инфу, что пересекающийся борт справа. Экипаж смотрит вправо, но за окном ночь и никаких признаков встречного борта.
А на самом деле борт подходит слева и сзади и Ту спускается прямо на него.
Система орет: "срочный подъем". Штурман опять обращает внимание КВСа на абсурдность ситуациию. У пилота, имхо, еще есть время уйти вверх и сообщить на землю, что он следует приказу сигнализации. Да, нарушение, но здравый смысл в такой ситуации важнее. Тем более, что экипаж уже понимает, что что-то не так. Они по-прежнему ищут самолет справа и спереди.

Пилоту боинга TCAS сигнализирует - "снижайся". Он докладывает об этом, но не получает никакой комманды. С ним вообще, диспетчер в сложившейся ситуации не говорит. Он тоже в недоумении и ждет команды с земли. Он не знает, откуда идет пересекающийся борт и смотрит по сторонам.

Скорость двух самолетов огромная, они увидели друг друга, но сделать уже ничего не могли.

Нильсен по какой-то причине подавал команду экипажу ТУ, которую он должен был дать Боингу. По-видимому просто перепутал, взгляд "замылился", но налицо явный непрофессионализм.

Теперь пару фраз о пилотах Ту.
Они действовали по принципу "не верь своим глазам, а слушай что тебе говрят другие". Хотя в ситуации подобной этой, лично я поверил бы TCASу и ушел с эшелона вверх.
Кроме того, до начала снижения, ситуация была по всей видимости не критичная. Не начни башкирский рейс снижаться, а к моменту столкновения они снизились на 300 метров, можно было и проскочить. Согласен, на грани, но можно. Сигнализация начала орать только при снижении высоты, до этого она просто предупреждала о сближении.
Конечно, теперъ "задним умом" легко просчитывать все возможные варианты действий, а окажись тогда в небе... Нет, все равно ушел бы выше.

И еще, ошибки диспетчеров обходяться дорого. Вспомните "Пахтакор".
В Европе был Белград (столкновение в начале 80-х), тоже ошибка диспетчера, именно после которого европейцев стали натаскивать в подобных ситуциях.

КСтате, на тренажерах в Сиэтле, еще до случившегося у нас была подобная вводная. Алгоритм решения - не слушая диспечера уходить. Но экипаж Ту никто по подобной ситуации не инструктировал.
Светлая им память.