При 6% упрощенке многие контрагенты (а в особенности ихние околобухгалтерские работнички) топорщатся с оплатой по договорам - ведь в этом случае бремя НДС ложится на заказчика. В этом случае, если ты поставляешь товар или услугу, имеющие конкурентноспособные по цене и качеству аналоги - можешь оказаться в пролете, это существенно повлияет на бизнес.

Ежели ты в своем сегменте монополист и это рынок поставщика - тогда 6% и можно не париться, все равно контрагенты никуда не денутся.

Так что данный вопрос стоит рассматривать не только с точки зрения внутренней организации компании, но и состояния рынка и ценовой политики его игроков.