Немного неясно, в каком состоянии документы. Вообще это делается так:
1) Дизайнер или архитектор разрабатывает новую планировку и утверждает заказчиком.
2)На основании этого делается проект перепланировки квартиры
3) Новая планировка согласовывается в администрации города (не знаю как в Москве, может быть районной), которая накладывает визу "Согласовано"
4) Делается собственно перепланировка
5) Заказывается тех.паспорт БТИ
6) Если изменилось количество комнат или метраж, то делается новое свидетельство о праве собственности.
Цена вопроса в Перми около 20000 рублей за все, в Москве хз, думаю значительно дороже