Если одна АК, то это один билет, если стыковка меньше, чем необходимое время, то German Wings, например, просто такой билет не продаст. (при бронировании забивается начальный пункт и конечный, а возможные промежуточные ищутся автоматически исходя из возможных разумных стыковок). Багаж они в Берлине перегружали и несли, соответственно, за него ответственность.
Если разные, то только без багажа и с риском потери билета.