Если едите через Польшу, необходимо въехать из нее же в страну выдавшую визу (Германия, Чехия). Если въезда, т.е. транзита через польскую територию не будет - возникнут проблемы. Поляки очень дотошно смотрят штампы въезда/выезда. Так что при наличие "шенгена" в паспорте необходимо в Шенген въехать.