Не совсем так. Происходит окаменение останков. Как правило в два этапа. Сначала место сгнивших мягких тканей заполняется твёрдым веществом окружающей породы. Затем несгнившие части подвергаются химической перекристаллизации. В результате образуется каменный объект совершенно другого химического состава, но повторяющий формы исходника. Иногда настолько точно, что видны внутренние детали вплоть до капилляров.

Мягкие ткани как правило пропадают. Но не всегда. То же самое и с растениями. Хотя я как-то раз гулял по окаменевшему лесу возрастом 300 млн. лет.

Это я, естественно, попроще постарался объяснить. Если интересны подробности - погуглите по слову "фоссилизация".