Если писем много и их поток не структурирован, то обилие подпапок в расшаренных папках будет усугублять бардак, затруднять поиск нужного документа.
Или локальный почтовый сервер, или через и-нет - если скорость высокая - не вижу криминала.
Если имеется общий сервер, и все обращения заведены на него - тогда это чревато сбоями в работе в случае непредвиденного отключения.