сделать это конечно несложно.
лично я сам часто открываю все в новом окне (не только в конфе конечно).
но что скажут другие участники? может быть 95% людей это не понравиться?
на самом деле можно в реестре (я к сожалению не помню где, но можно найти в инете) подправить что бы открывалось всегда в новом окне :)

и потом, как я понимаю, ты открываешь тему, а потом в новом окне открываешь ответы? но сейчас можно переключиться в режим "Списком" и сразу увидеть на экране всю ветвь со всеми сообщениями.