Ну если это прописано в договоре-ДА. Только нах такой договор нужен?

Если руководство платит надбавк на свое усмотрение, зачем это в договор вписывать?

Я в теме, ибо участвовал в разработке системы премирования. Для каждого уровня по горизонтали и по вертикали она своя и все показатели АБСОЛЮТНО объективны, то есть выражены в цифрах. Все это закреплено договором. У каждого сотрудника копия. Каждый может самостоятельно рассчитать свой бонус. И залупнуцца, если что не совпало.
Но опять же, топикстарт не про бонусы, а про зарплату. Бонуса можно лишить например вынеся выговор (если есть за что).