Вообще говоря, значение этого словосочетания банально донельзя:
"е.ать мозги" - нудить, надоедать, действовать на нервы.
Раньше чаще говорили "компостировать мозги"
Вот интересные размышления на заданную тему обнаружились

Не удержусь и размещу здесь оттудова картинку для украшения ветки

А некий более глубокий смысл в выражение начал вкладывать уважаемый Ж. Ачкарик - вот он пускай пояснения дает